Als freie Schule bekommt die MSH in den ersten drei Jahren keine finanzielle Unterstützung durch den Staat. Danach erhält die Schule 85% der Aufwendungen einer statlichen Schule von der Stadt Hamburg. Die fehlenden 15% muß die Schule selbst aufbringen. Deshalb muß die MSH ein Schulgeld erheben, das in Hamburg pro Schüler und Monat auf eine Höhe von 200 € begrenzt ist.
Auf Antrag der Eltern kann das monatliche Schulgeld auf 150 € oder 100 € gesenkt werden. In einzelnen Fällen kann das Schulgeld auch ganz entfallen.
Neben dem Schulgeld muss regelmäßig das Mittagessen für jedes Kind bezahlt werden.
Wenn die Eltern die Freizeitangebote vor dem Unterricht, nach dem Unterricht oder am Wochenende nutzen wollen, so ist dafür ein zusätzlicher Beitrag nötig. Die Höhe des Betrags orientiert sich an den Hamburger Hortgebühren, ist aber auch davon abhängig, welche Angebote (z.B. Einzelmusikunterricht, freies Spielen oder Mannschaftssportarten) gewählt werden.